農林部檔案現收錄於中央研究院近代史研究所檔案館,共有44,216冊。農林部檔案主要為農林部1940至1949年之間的各項政府機關檔案。農林部專司農林漁牧與農事經濟相關事務,其編制曾有多次改動。此檔案在國民政府抗戰後,1940由經濟部農林司改為農林部,於1949縮編為工商部農林署,而後又改為經濟部所屬。歷經多次沿革下,農林部檔案即1940至1949年間的檔案,為一涵蓋國民政府遷臺前後政策的機關檔案,係中國史農林事業制度化的一項重要設立。
農林部檔案不僅有於中日戰爭時期,國府遷都重慶的物產動員、南京戰後的接收管理,還有遷臺後涉及臺灣農林事業的檔案。其整體內容包括許多政府部門間運作資料和成果報告、中央部會與地方政府的政策佈達,以及負責的農林漁牧各相關業務,此又以農業為大宗,並涉及技術現代化與國際合作等變革。
檔案中涉及臺灣的部分,經整理約有534筆資料,可大致分類為15項,又可統整為政府部門行政、農糖茶林漁牧、土地水利、物資肥料、出版刊物、國際合作等六大主題。檔案特質有其時間上承接戰時戰後的農村景況,空間上從重慶、南京再至臺灣的行政中心轉移,以及國際情勢上既能與中共對照,也有和美國國際合作的變化。
此檔案對研究臺灣農村來說,可提供政府政策計畫的脈絡,如各項農林規劃的政策成形過程,或是農村調查的實務成效。其次則是比對不同時空間中的農村處境,其環境的差異使農村有不同的困境或各異其趣的社會文化面,政府則有相應的對策,以規劃生計活動和資源分配等問題。如戰時的農村資源動員、戰後中國的農村復原,以及國民政府遷臺後,一面是政府接收日產與臺灣農政機構,繼受與調整日本殖民體制,一面是臺灣承接與因應政府遷臺後的各項影響,在此之中的中美技術合作與而後的農村復興委員會,更是奠定臺灣戰後的農村經濟與物質上的設備技術等基礎建設。綜上所述,以農林部檔案史料為基礎,輔以二手研究,可進而描繪國民黨政府遷臺前後的農村面貌。