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堤外海水引入供應站後，會先進入沉砂池，沉澱雜質。目前站內有兩座沉沙池。不論是入水口或沉砂池與站體的連結口都有鋼製濾網，隔絕海水中較大型的雜物或雜魚，但對於細小的生物或雜質則尚未有處理方法。且由於本地用戶使用量大，沉砂池也沒有太多的靜置期便進入站體。影響層面是海水中的生物跟著管線進入養殖池。若進行魚苗繁殖，則對孵化或育苗率有減損，因而魚苗繁殖戶對於海水供應站的用水品質仍存疑。此外，站體所能儲存的用水受限於沉沙池的數量與容量，若遭遇颱風導致沿近海的海水混濁、大型漂流物過多，站體也會關閉入水口避免站體毀損，這也造成養殖戶的用水危機。